譲渡所得で、居住用3000万円控除特例とマイホーム軽減税率特例は、併用できます。

軽減税率は、譲渡所得6000万円まで、所得税10.21％・住民税4%となります。

しかし、譲渡所得の特例には、適用できそうで、適用できない場合もあります。

例えば、空き家の特例3000万円控除の場合には、マイホームの軽減税率の特例を使うことができません。
相続人のマイホームではないためですね。

相続財産を譲渡した場合の取得費の特例と概算取得費5%の併用

空き家の特例の要件緩和