特別徴収税額通知の仕組みが令和6年度分以降変わります。

今までは、書面でも電子データでも、両方を受け取ることができました。

しかし、令和6年1月末提出期限のeLTAXでの申請では、どちらか一方を選ばなくてはいけなくなります。
特別徴収税額の決定・変更通知書の電子送付（武蔵野市）

とりあえず書面が届かないと、クライアントや従業員に内容を通知するのが大変です。
このため、「書面」を選ぶ方が多いのではないかと思います。

ソフトでは、こんな感じの設定になりますね。

なお、eLTAXで電子納付している場合には、電子データがなければ、納税額の取込ができなくなります。

それでも全従業員の納付額を1ヵ月分入力すれば、次月以降は過去データから複製できるので、何とかなりそうです。
初回だけ納税額の端数処理が違うことには注意ですね。