社会福祉法人の消費税判定には注意が必要です。
（国税庁）障害者相談支援事業を受託した場合の消費税の取扱い
まず、営んでいるのが、社会福祉法に規定する事業かどうかを確認しましょう。
事業の種類により、以下の取扱いとなります。
「一般相談支援事業」・・・第二種社会福祉事業として消費税非課税
「特定相談支援事業」・・・第二種社会福祉事業として消費税非課税
「障害者相談支援事業」・・・社会福祉法に規定する他の社会福祉事業のいずれにも該当しないため、消費税課税
ここで、「障害者相談支援事業」のように、消費税課税対象となる委託料が問題となります。
その委託料が1000万円を超える場合、基準期間の判定により、消費税課税事業者となります。
この場合、組織形態が社会福祉法人であっても、消費税の申告と納税が必要です。